Die Mädchenrealschule Schillingsfürst wurde 1873 auf Initiative des Kardinals Gustav zu Hohenlohe-Schillingsfürst gegründet, eines Bruders des späteren Reichskanzlers des Deutschen Reiches. In einer Zeit des Umbruchs wollte er für Mädchen die Möglichkeit schaffen, neben den hausfraulichen Tätigkeiten auch eine solide Allgemeinbildung zu erwerben. Für seine Idee konnte er den Orden der "Armen Schulschwestern von Unserer Lieben Frau" gewinnen.
Zu Beginn des Jahres 1873 nahmen drei Nonnen ihre Arbeit zunächst in einer Volksschule auf. Der Kardinal stellte den Schwestern die Räumlichkeiten im ehemaligen Salm-Schlösschen zur Verfügung, weitere materielle Zuwendungen kamen vom Ministerpräsidenten des damaligen Königreichs Neapel, Caprioli. Noch im selben Jahr wurde die "Höhere Töchterschule mit Internat" gegründet, Vorläufer der heutigen Mädchenrealschule. Fremdsprachen gehörten von Anfang an zur Grundausbildung, zunächst Französisch, später Englisch. Zeitweise war auch Italienisch Haussprache, da unter den ersten Schülerinnen fünf Italienerinnen aus Neapel waren.
Nicht alle Mädchen konnten diesem Bildungsanspruch genügen, wollten aber dennoch umfassend praktisch ausgebildet werden. Deshalb eröffneten die Nonnen 1890 eine Haushaltungsschule mit Internat, das sogenannte "Marienstift". Schwerpunkte waren auch hier die Vermittlung religiöser Werte und praktischer Kenntnisse der Haushaltsführung. Das Haus erwarb sich bald großes Ansehen, so dass Schülerinnen aus nahezu allen Regionen Bayerns im Internat lebten und den Unterricht besuchten. 1924 wurde die Schule in eine sechsklassige Höhere Mädchenschule umgewandelt. In mehreren Abschnitten wurden die Gebäude den wachsenden Bedürfnissen angepasst. Auf dem Höhepunkt der Entwicklung lebten etwa 140 Mädchen im Internat.
Im Jahre 1939 wurden Schule und Internat von den Nationalsozialisten beschlagnahmt und in ein Lazarett bzw. Umsiedlerlager umgewandelt. 1945 erhielten die Ordensfrauen ihr Eigentum zurück, Schule und Internat wurden wieder eröffnet. Seit dieser Zeit steht die Schule auch Schülerinnen offen, die nicht im Internat wohnen. Damit fanden auch mehr und mehr evangelische Mädchen Aufnahme.
Da der Orden nicht mehr in der Lage war, genügend eigene Lehrkräfte zur Verfügung zu stellen, übernahm 1982 die Erzdiözese Bamberg das Haus. Von 1983 bis 1997 leitete Hans Kralik die Schule. Die Schwestern verließen 1992 Schillingsfürst, ihr Weggang bedeutete auch das Ende für das Internat. Im September 1998 übernahm Herr Jost Huber die Leitung der Mädchenrealschule Schillingsfürst, die seit dem Schuljahr 2002/2003 auch sechsstufig geführt wird.
Nachdem Herr Huber aus gesundheitlichen Gründen im Februar 2005 in den Ruhestand versetzt wurde, leitet seit 01.08.2005 Frau Barbara Hofmann die Schule. Der Umbau des Schulhauses wurde im Oktober 2005 mit einer feierlichen Einweihung abgeschlossen. Im November 2006 konnten schließlich auch noch die Sportanlagen hinter der Mehrzweckhalle und im Park in Betrieb genommen werden.
Seit dem Schuljahr 2014/2015 ist Bernd Tittmann der neue Konrektor der Schule.
Im Schuljahr 2019/2020 verließ die Schulleiterin Barbara Hofmann die Schule und Bernd Tittmann übernahm kommissarisch die Schulleitung bis am 1. August 2020 Marcus Pfalzer als neuer Schulleiter die Aufgaben an der Edith-Stein-Realschule übernahm.
Seit dem 1. August 2015 führt die Schule den Namen "Edith-Stein-Realschule der Erzdiözese Bamberg" und nimmt neben Mädchen auch Jungen auf. Das neue Konzept soll nun auch Jungen ermöglichen, die Vorteile einer kleinen Schule zu genießen, die besonderen Wert auf die Eigenverantwortlichkeit des Kindes und christliche Werte legt.